היתרון העיקרי של הליך זה הוא שניתן להשיג תוצאות שנראות טבעיות מאוד ובלתי ניתנות לזיהוי. 

הניתוח מתבצע ממש כמו בשיטת ה- FUE הרגילה, אך בהשתלת שיער בשיטת- Micro-FUE הרופאים משתמשים בניקוב מיוחד בקוטר של 0.6- 0.8 מ\"מ, כך שהאזור התורם והתוצאה הסופית נראים טבעיים, וחשוב מכך, שתלים מחולצים עם בלוטות שומן ועם שימור של אלמנטים חיוניים לשיער, שיכולים להגדיל את שיעור ההישרדות של השתל ואת אחוזי ההצלחה